Bases de dados secundárias têm sido fontes de informação importantes para o desenvolvimento de pesquisas em saúde, cujos resultados irão contribuir para o aprimoramento de protocolos assistenciais e políticas públicas. A Lei Geral de Proteção de Dados (LGPD), além de consolidar conceitos já presentes em normas técnicas e códigos de ética existentes no campo da pesquisa, tais como o sigilo de dados e a autodeterminação informativa, trouxe um novo olhar sobre as novas demandas tecnológicas relacionadas ao uso massivo de informações. Sendo assim, a utilização de técnicas de anonimização e pseudoanonimização para o tratamento de dados pessoais deve ser aplicada de forma que busque o equilíbrio entre garantir o sigilo dos dados e não comprometer a qualidade da informação. Para isso, é necessário o desenvolvimento de algoritmos e metodologias de controle de dados científicos. Algumas iniciativas têm sido desenvolvidas, como os Centros de Dados orientados para pesquisa, que fornecem infraestrutura e profissionais especializados em gerenciar diferentes bases de dados, e os movimentos de compartilhamento de dados abertos que, em consonância com as medidas de proteção de dados pessoais, disponibilizam dados para incentivar o desenvolvimento de pesquisas em saúde.